Важным направлением работы семинарии в рамках реализации Госстандарта «Теология» и перехода на Болонскую систему является поиск собственных новых форм учебно-научной деятельности. Одной из них стали церковно-археологические поездки.
Группами преподавателей, сотрудников и студентов семинарии были совершены две поездки по Малой Азии (Турции) – «Стопами святых апостолов» и «Путешествие к Семи Церквам Апокалипсиса», поездки в Египет и Карфаген (Тунис). Опыт церковно-археологических поездок показал, что данное направление учебно-научной деятельности не только заново открывает многие страницы в изучении Священного Писания и Церковной истории, но и создает прочную мотивационную базу для дальнейшей научной работы преподавателей и студентов.
Результаты исследовательской работы, проведенной в рамках путешествий, публикуются в церковно-историческом альманахе, который издает семинария.